明智あんなは、マコトミライタウンに暮らす14歳の中学2年生！
誕生日に現れた妖精ポチタンと、お部屋にあったペンダントに導かれて
2027年から1999年のまことみらい市にタイムスリップ…！

そこで出会ったのは、名探偵に憧れている14歳の女の子小林みくる！

そんな中、事件発生！？
大切なものを盗まれて困っている人がいるみたい…！
事件は怪盗団ファントムのしわざ…！？

困っている人を見逃せない…！
そんな思いから、あんなとみくるは名探偵プリキュアに変身！！

名探偵プリキュアがみんなの笑顔を推理で守る！
「そのナゾ！キュアット解決！」

そして、あんなは元の時代に戻ることができるのか…！？