祭神の天之御影命が降臨した６月１８日には、毎年、神職と氏子らが三上山頂上に登り、神迎えの山上祭を行い、下山して本宮で神を迎える神事が行われる。中世以降は武神として崇敬を集め、木曽義仲、源頼朝、足利尊氏らの社領寄進などが続いた。
　富士山のような美しい山容と異なり、頂上付近は火山の跡を残す荒々しい岩が点在し、２つの峰がある。頂上からの眺めは素晴らしく、西には比叡山から比良山系の山並みが続き、その手前には琵琶湖の湖面が広がり、眼下には野洲川がゆったりと流れ、琵琶湖に注いでいる。

(写真は　楼門）

　大岩山遺跡から出土した銅鐸の中に高さ１３４.７ｃｍ、重さ４５.４７ｋｇと言う日本最大の銅鐸がある。これらの銅鐸を展示し、銅鐸の謎に迫り、銅鐸のルーツや銅鐸の変遷を映像や音で教えてくれるのが銅鐸博物館。銅鐸の持つ不思議な魅力や音色などの知識を身につけると「銅鐸博士」になった気分にひたれる。
　銅鐸博物館に隣接する「弥生の森歴史公園」には竪穴式住居、高床式倉庫、古代米を栽培する水田などが復元されており、弥生時代の生活が体験できる。公園内の工房では、まが玉作りや土器作り、土の銅鐸作り、土笛作りなどが有料で体験できる。但し土、日、祝日は予約が必要。

(写真は　弥生の森歴史公園）

　古社にふさわしく武具類などの社宝も多い。南北朝時代の鎧（よろい）の白絹包腹巻（しらぎぬつつみはらまき＝国・重文）は、やや小型なので実戦用ではなく神事用に作られたものと見られている。ほかに黒漆皮巻太刀や矢を納める弓具の一種の皮箙（かわえびら＝国・重要美術品）などある。
　本殿横に広がる樹木と水の豊かな庭園は、びっしりと苔に覆われていることから近江の苔寺とも言われている。最近の発掘調査で河原石の洲浜敷護岸や導水路、排水路などが見つかり、水の流れを利用した祭祀が行われていた庭園と見られている。

(写真は　兵主神社庭園）

　本尊の十一面観世音菩薩像（国・重文）は、弘仁元年（８１０）琵琶湖に毎夜光るものがあるので、村人が網を投げ入れて引き上げたところ観音像だったので、東門院守山寺の本尊として安置されたとの伝えがある。京都・清水寺の観音像と同じ一木から造られたとも言われている。
　不動堂本尊の不動明王座像（国・重文）は、近江では最大、全国でも十指に入る大きなものである。境内には石造五重塔（国・重文）や石造宝塔、石造宝篋印塔（ほうきょういんとう）など、鎌倉時代石造物が多い。

(写真は　不動明王像）

　最澄自刻と伝わる本尊の十一面観音像（国・重文）は秘仏となっている。普通の観音像は腰をやや左にひねっているが、福林寺の観音様は腰をやや右にひねり、左足を浮かせて歩いているような姿が非常に特徴的で、毎年１１月に１日だけ開扉され、拝観することができる。
　昭和５４年（１９７９）に琵琶湖から漁師が引き上げ、福林寺に安置された石造不動明王像は、いつしか「水掛け不動」と呼ばれて信仰を集めている。境内には鎌倉時代の武将・佐々木高綱が、宇治川の合戦に向かう折、父母の菩提を弔うために建立したと言う石造宝塔がある。

(写真は　石造宝塔（福林寺））